Un fait important influe sur l'histoire de Narva : c'était une ville frontière et une place forte. On admet qu'à cet endroit s'élevait autrefois une forteresse estonienne. Quand les Danois conquirent les territoires estoniens du Nord, ils y trouvèrent en tout cas un village du nom de Narva.
Ils y construisirent un château fort, mais seulement dans la seconde moitié du XIIIe siècle (en 1256, vraisemblablement). Ce château s'élevait au-dessus du village, là où, de nos jours, le fort de Narva dresse ses tours, car la rive élevée du fleuve Narva offrait déjà une sérieuse protection naturelle. Ce premier château fort était une construction en bois que les Russes saccagèrent à la fin du même siècle. Ce ne fut que dans la première moitié du XIVe siècle que les Danois érigèrent une forteresse de pierre, suivie quarante ans plus tard d'un vaste ouvrage avancé capable d'assurer aux heures graves la protection des habitants de la petite ville. Pendant la période danoise se forma aussi près du château une agglomération à caractère de petite ville, pour des marchands et d'autres immigrants, car Narva était située sur la route commerciale entre la Russie et les villes du littoral baltique. Cette agglomération se vit accorder par le roi Eric Menwed (qui régna de 1286 à 1319) les droits urbains de Tallinn. L'année de l'attribution de ces droits n'est pas exactement connue. C'est en 1302, selon toute vraisemblance, que Narva obtint les mêmes droits que Lübeck et Tallinn, passant du même coup sous la juridiction de la cour suprême de Tallinn.
Les documents danois désignent déjà la ville comme place frontière : la puissance du roi du Danemark ne franchissait pas en effet cette limite. Les relations commerciales de Narva s'étendaient cependant jusqu'à Novgorod. En 1294, cédant aux instances de Lübeck et de Visby, le roi Eric Menwed conféra à tous les marchands du rivage de la Baltique un privilège commercial. Ce privilège leur assurait la liberté commerciale dans leur propre pays et, à la vérité, sur tout le territoire de l'Estonie et de Viru jusqu'à la Narva (usque ad fluvium Narva) et le droit de se rendre jusqu'à Novgorod. Dans la première moitié du XIVe siècle, plusieurs documents citent la ville de Narva et ses marchands, par exemple une attestation de l'année 1336, dans laquelle un bourgeois de Narva, Florekinus, reconnaît qu'un contrat de société aurait été conclu entre lui et des membres de sa famille pour transporter par bateau jusqu'à Stockholm douze charges de seigle destinées à la vente.
Le 25 juillet 1345, le roi du Danemark Valdemar III confirma aux bourgeois de Narva les mêmes droits et libertés que ceux octroyés aux bourgeois de Tallinn, alors que l'Ordre livonien occupait déjà le château fort de Narva (depuis le 24 janvier 1345). En ratifiant le privilège de Narva, Valdemar III mettait particulièrement l'accent sur le droit de pêche en amont et en aval du château. Les habitants avaient, en outre, le privilège d'acheter le produit de la pêche aux anguilles. En raison de la situation géographique de Narva, il fut décidé que si les Russes dévastaient la ville, les bourgeois seraient autorisés à s'établir immédiatement dans les ouvrages avancés (praeurbium) du château royal danois et à s'y construire des abris. La même année, le roi Valdemar III conféra un privilège à l'église paroissiale de Narva, en un document qui dépeint également la dangereuse situation de la paroisse en cas d'invasion russe. Ce privilège du roi concédait aux ecclésiastiques divers revenus et la raison invoquée pour cela était la pauvreté de la paroisse ; cette pauvreté s'expliquait elle-même par le caractère imprévu des attaques impitoyables et des incendies si souvent perpétrés par les Russes, qui avaient jusque là surpris la région et dont on n'était pas préservé pour l'avenir, car les Russes se trouvaient trop près (propter nimiam eorum vicinitatem). Ce furent aussi les dernières chartes octroyées à Narva par le roi de Danemark : dès, le 29 août 1346, il dut vendre à l'Ordre teutonique, pour dix-neuf mille marks, la ville et toute l'Estonie danoise.
La ville fut désormais administrée par un plénipotentiaire particulier du Grand-Maître, mais en 1347 celui-ci confia l'administration de l'Estonie au Maître de l'Ordre livonien. Après que Narva fut passée aux mains de l'Ordre teutonique, la forteresse danoise fut en partie modifiée. L'endroit, du point de vue purement stratégique, représentait pour l'Ordre livonien un avant-poste si important face à la Russie qu'il se préoccupa de donner à la forteresse de Narva une puissance toute particulière. C'est ainsi que fut érigée une massive tour-maîtresse qui dominait les murailles de l'époque danoise. On la nomma « la longue germaine ». Elle atteignit sa hauteur la plus considérable à la fin du XVe siècle lorsque, pour rivaliser avec la forteresse d'Ivangorod, elle fut encore rehaussée.
Le Maître de l'Ordre accorda lui aussi à Narva différents privilèges et lui confirma pareillement les droits qui lui avaient été attribués à l'époque danoise. Ce fut le privilège de Guillaume de Vrymersheim en l'an 1374. Ce document définit aussi les limites du territoire de la ville, où les bourgeois entretenaient
(...)
droits de pêche des bourgeois de Narva, qui purent librement s'exercer dans la pêcherie commune en amont et en aval du château, d'une embouchure à l'autre. Il y avait là des poissons à écailles et des anguilles. De plus, ceux des Estoniens qui, depuis longtemps, pratiquaient dans les mêmes parages la pêche aux poissons ci-dessus mentionnés, ne pouvaient s'en voir interdire l'exercice par les bourgeois de Narva. En ce qui concerne la pêche à la lamproie, on décida que les bourgeois auraient à payer la dîme à l'Ordre et que, une fois l'an, ils devraient abandoner la prise d'une nuit, si le bailli le demandait, ainsi que la moitié d'une pêche d'esturgeons. Il était interdit de prendre des saumons avant la Saint-Jacques, sauf en cas d'autorisation particulière du bailli du château. À en croire le chroniqueur Dionysius Fabricius, le fleuve Narva n'a pas été seulement pour les bourgeois une source de bienfaits, il leur a causé aussi beaucoup de soucis : le grondement de la cascade était, paraît-il, si puissant que les habitants en auraient perdu l'ouïe.
Comme nous y avons déjà fait allusion, le grand-duc russe Ivan III fit construire sur l'autre rive du fleuve un château fort avec dix tours, qui reçut le nom d'Ivangorod. Les Russes ne devaient cependant réussir la conquête du château de Narva qu'après son siège par l'armée d'Ivan le Terrible. La forteresse de Narva resta en possession des Russes jusqu'en 1581 ; à cette époque, les Suédois, sous le commandement du Français Pontus de la Gardie, la prirent d'assaut et la conservèrent après l'armistice de 1583. Les Suédois occupèrent par ailleurs Ivangorod (jusqu'en 1595). En 1585, ils octroyèrent à Narva les droits urbains de Suède. Tallinn perdit ainsi son rang de juridiction suprême pour la ville. Les Suédois renforcèrent aussi les fortifications de Narva. Le roi Gustave-Adolphe séjourna cinq fois dans la ville à qui, en 1613, il donna trente mille thalers prélevés sur les recettes de douane. Il voulait par ce geste aider à la prospérité renaissante de la ville qui, par la guerre et le feu, avait subi de graves dégâts. Au cours de la période suédoise furent édifiés l'Hôtel de ville, la Bourse et beaucoup d'autres bâtiments qui, jusqu'aux temps modernes, donnèrent à la ville estonienne une physionomie suédoise.
En 1684, avant la grande guerre du Nord, les Suédois fortifièrent encore Narva., aussi les Russes échouèrent-ils dans leur première tentative de conquête, bien que Pierre le Grand eût installé une armée forte de quarante-deux mille hommes et de cent quarante-cinq canons. Charles XII enfonça l'armée des assiégeants et battit les Russes avec ses douze mille hommes. Dans ce combat, les Suédois perdirent environ deux mille hommes, les Russes sept mille hommes et toute leur artillerie. Une bonne partie de la cavalerie dirigée par Chérémétieff, soit environ deux mille hommes, se noya en essayant de traverser la Narva à la nage. Ce que les Russes n'avaient pu réussir en 1700, ils le réalisèrent en 1704 lorsque, après un siège de trois mois, ils prirent la forteresse de Narva. Tenant pour suédophiles les bourgeois de la ville, et dans la crainte d'un retour possible des Suédois, Pierre le Grand donna l'ordre, en 1708, de déporter vers la Russie une grande partie des habitants. Les survivants ne devaient revenir qu'après dix ans d'absence. Le voisinage de Saint-Pétersbourg, qui fut fondée en 1703, entrava le développement de la ville au XVIIIe siècle. En 1780 Narva fut même rattachée au gouvernement de Saint-Pétersbourg ; la constitution et l'administration de la ville devaient cependant, plusieurs dizaines d'années encore, rester celles d'autrefois.